Porozumienie w sprawie ochrony populacji nietoperzy europejskich (EUROBATS) zostało ustanowione w 1991 r. pod auspicjami CMS po uznaniu niekorzystnego stanu ochrony nietoperzy w Europie, Afryce Północnej i na Bliskim Wschodzie. Zajmuje się 52 gatunkami nietoperzy, o których wiadomo, że żyją na obszarze Porozumienia. Do tej pory do Porozumienia przystąpiło łącznie 35 z 63 państw zasięgu. Jego głównym celem jest zapewnienie ram dla krajów członkowskich i tych, które jeszcze nie przystąpiły, do współpracy na rzecz ochrony nietoperzy w całej Europie i poza nią.

Sekretariat EUROBATS rozpoczął swoją działalność w Bonn w 1996 roku. Koordynuje i organizuje działania Stałych i Doradczych Komitetów oraz organizuje Spotkania Stron. Podejmuje również inicjatywy mające na celu wdrożenie Porozumienia, przyciągnięcie większej liczby państw członkowskich, podnoszenie świadomości społecznej, wymianę informacji, koordynację międzynarodowych inicjatyw badawczych i monitorujących.

W 2001 roku Porozumienie EUROBATS stało się częścią Programu Środowiskowego Organizacji Narodów Zjednoczonych (UNEP). Służy ono jako udany model promowania podobnych struktur porozumienia na rzecz ochrony nietoperzy na innych kontynentach.