L'Accord sur la conservation des populations de chauves-souris européennes (EUROBATS) a été établi en 1991 sous les auspices de la CMS après avoir reconnu l'état de conservation défavorable des chauves-souris en Europe, en Afrique du Nord et au Moyen-Orient. Il s'occupe de 52 espèces de chauves-souris connues pour vivre dans la zone de l'accord. Jusqu'à présent, 35 des 63 États de l'aire de répartition ont adhéré à l'accord. Son objectif principal est de fournir un cadre aux pays membres, et à ceux qui n'ont pas encore adhéré, pour coopérer à la conservation des chauves-souris dans toute l'Europe et au-delà.

Le secrétariat d'EUROBATS a commencé son travail à Bonn en 1996. Il coordonne et organise les activités des comités permanents et consultatifs, ainsi que les réunions des parties. Il prend également des initiatives pour mettre en œuvre l'accord, attirer davantage d'États membres, sensibiliser le public, échanger des informations, coordonner la recherche internationale et les initiatives de surveillance.

En 2001, l'accord EUROBATS a été intégré au Programme des Nations unies pour l'environnement (PNUE). Il sert de modèle pour promouvoir des structures d'accords similaires pour la conservation des chauves-souris sur d'autres continents.