Η συμφωνία για τη διατήρηση των πληθυσμών των ευρωπαϊκών νυχτερίδων (EUROBATS) δημιουργήθηκε το 1991 υπό την αιγίδα της CMS, αφού αναγνωρίστηκε η δυσμενής κατάσταση διατήρησης των νυχτερίδων στην Ευρώπη, τη Βόρεια Αφρική και τη Μέση Ανατολή. Ασχολείται με 52 είδη νυχτερίδων που είναι γνωστό ότι ζουν στον χώρο της συμφωνίας. Μέχρι σήμερα, συνολικά 35 από τα 63 κράτη εξάπλωσης έχουν προσχωρήσει στη συμφωνία. Ο κύριος στόχος της είναι να παρέχει ένα πλαίσιο για τις χώρες μέλη, αλλά και για όσες δεν έχουν ακόμη προσχωρήσει, ώστε να συνεργάζονται για τη διατήρηση των νυχτερίδων σε ολόκληρη την Ευρώπη και πέραν αυτής.

Η Γραμματεία του EUROBATS ξεκίνησε τις εργασίες της στη Βόννη το 1996. Συντονίζει και οργανώνει τις δραστηριότητες των μόνιμων και συμβουλευτικών επιτροπών και οργανώνει τις συνεδριάσεις των μερών. Αναλαμβάνει επίσης πρωτοβουλίες για την εφαρμογή της συμφωνίας, την προσέλκυση περισσότερων κρατών μελών, την ευαισθητοποίηση του κοινού, την ανταλλαγή πληροφοριών, το συντονισμό διεθνών πρωτοβουλιών έρευνας και παρακολούθησης.

Το 2001, η Συμφωνία EUROBATS εντάχθηκε στο Περιβαλλοντικό Πρόγραμμα των Ηνωμένων Εθνών (UNEP). Χρησιμεύει ως επιτυχημένο μοντέλο για την προώθηση παρόμοιων δομών συμφωνίας για τη διατήρηση των νυχτερίδων σε άλλες ηπείρους.