El Acuerdo sobre la Conservación de las Poblaciones de Murciélagos Europeos (EUROBATS) se estableció en 1991 bajo los auspicios de la CMS tras reconocer el desfavorable estado de conservación de los murciélagos en Europa, África del Norte y Oriente Medio. Se ocupa de 52 especies de murciélagos que se sabe viven en el Área del Acuerdo. Hasta ahora, 35 de los 63 Estados del área de distribución se han adherido al Acuerdo. Su principal objetivo es proporcionar un marco para que los países miembros, y los que aún no se han adherido, cooperen para la conservación de los murciélagos en toda Europa y fuera de ella.

La Secretaría de EUROBATS inició su labor en Bonn en 1996. Coordina y organiza las actividades de los Comités Permanentes y Consultivos y organiza las Reuniones de las Partes. También emprende iniciativas para aplicar el Acuerdo, atraer a más Estados miembros, sensibilizar a la opinión pública, intercambiar información y coordinar las iniciativas internacionales de investigación y seguimiento.

En 2001, el Acuerdo EUROBATS pasó a formar parte del Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA). Sirve como modelo de éxito para promover estructuras de acuerdos similares para la conservación de los murciélagos en otros continentes.