L'Accordo sulla conservazione delle popolazioni di pipistrelli europei (EUROBATS) è stato istituito nel 1991 sotto gli auspici della CMS dopo aver riconosciuto lo stato di conservazione sfavorevole dei pipistrelli in Europa, Africa settentrionale e Medio Oriente. Si occupa di 52 specie di pipistrelli che vivono nell'area dell'accordo. Finora hanno aderito all'accordo 35 dei 63 Stati dell'area di distribuzione. Il suo obiettivo principale è quello di fornire un quadro di riferimento per i Paesi membri, e per quelli che non hanno ancora aderito, per cooperare per la conservazione dei pipistrelli in tutta Europa e oltre.

Il Segretariato di EUROBATS ha iniziato la sua attività a Bonn nel 1996. Coordina e organizza le attività dei comitati permanenti e consultivi e organizza le riunioni delle parti. Inoltre, intraprende iniziative per l'attuazione dell'Accordo, attirando un maggior numero di Stati membri, sensibilizzando l'opinione pubblica, scambiando informazioni, coordinando la ricerca internazionale e le iniziative di monitoraggio.

Nel 2001, l'Accordo EUROBATS è entrato a far parte del Programma delle Nazioni Unite per l'Ambiente (UNEP). Esso funge da modello di successo per promuovere strutture di accordo simili per la conservazione dei pipistrelli in altri continenti.