أُنشئت اتفاقية الحفاظ على مجموعات الخفافيش الأوروبية (EUROBATS) في عام 1991 تحت رعاية اتفاقية حفظ أنواع الخفافيش الأوروبية بعد الاعتراف بحالة الحفظ غير المواتية للخفافيش في أوروبا وشمال أفريقيا والشرق الأوسط. وهي تتعامل مع 52 نوعاً من الخفافيش المعروف أنها تعيش في منطقة الاتفاقية. وحتى الآن، انضم إلى الاتفاقية ما مجموعه 35 دولة من أصل 63 دولة من دول النطاق البالغ عددها 63 دولة. ويتمثل هدفها الرئيسي في توفير إطار عمل للدول الأعضاء، وتلك التي لم تنضم بعد، للتعاون من أجل الحفاظ على الخفافيش في جميع أنحاء أوروبا وخارجها.

بدأت سكرتارية الاتحاد الأوروبي للخفافيش عملها في بون في عام 1996. وهي تنسق وتنظم أنشطة اللجان الدائمة والاستشارية وتنظم اجتماعات الأطراف. كما تضطلع بمبادرات لتنفيذ الاتفاقية، وجذب المزيد من الدول الأعضاء، وزيادة الوعي العام، وتبادل المعلومات، وتنسيق مبادرات البحث والرصد الدولية.

في عام 2001، أصبحت اتفاقية يوروباتس جزءًا من برنامج الأمم المتحدة للبيئة. وهي بمثابة نموذج ناجح لتعزيز هياكل اتفاقيات مماثلة للحفاظ على الخفافيش في القارات الأخرى.