MPINB має два науково-дослідні відділи та сім незалежних дослідницьких груп (станом на січень 2022 року). Інститут є частиною кластеру нейронаук у регіоні Бонн-Кельн і має численні зв'язки з Боннським та Кельнським університетами. У співпраці з Боннським університетом та Німецьким центром нейродегенеративних захворювань (DZNE) він керує Міжнародною дослідницькою школою Макса Планка (IMPRS) з вивчення мозку та поведінки для підготовки наступного покоління видатних науковців.