L'MPINB ha due dipartimenti di ricerca e sette gruppi di ricerca indipendenti (a partire da gennaio 2022). L'istituto fa parte di un cluster di neuroscienze nella regione di Bonn-Colonia e ha molteplici legami con l'Università di Bonn e l'Università di Colonia. In collaborazione con l'Università di Bonn e il Centro tedesco per le malattie neurodegenerative (DZNE), gestisce la Scuola internazionale di ricerca Max Planck (IMPRS) per il cervello e il comportamento per formare la prossima generazione di scienziati eccellenti.