В состав MPINB входят два исследовательских отдела и семь независимых исследовательских групп (по состоянию на январь 2022 года). Институт является частью кластера нейронаук в регионе Бонн-Кельн и имеет многочисленные связи с Боннским и Кельнским университетами. В сотрудничестве с Боннским университетом и Немецким центром нейродегенеративных заболеваний (DZNE) он руководит Международной исследовательской школой Макса Планка (IMPRS) по изучению мозга и поведения, которая готовит следующее поколение выдающихся ученых.