El MPINB cuenta con dos departamentos de investigación y siete grupos de investigación independientes (en enero de 2022). El instituto forma parte de un clúster de neurociencias en la región de Bonn-Colonia y mantiene múltiples vínculos con la Universidad de Bonn y la Universidad de Colonia. En colaboración con la Universidad de Bonn y el Centro Alemán de Enfermedades Neurodegenerativas (DZNE), dirige la Escuela Internacional de Investigación Max Planck (IMPRS) de Cerebro y Comportamiento para formar a la próxima generación de científicos destacados.