Το MPINB διαθέτει δύο ερευνητικά τμήματα και επτά ανεξάρτητες ερευνητικές ομάδες (από τον Ιανουάριο του 2022). Το ινστιτούτο αποτελεί μέρος ενός συμπλέγματος νευροεπιστημών στην περιοχή Βόννης-Κολωνίας και έχει πολλαπλούς δεσμούς με το Πανεπιστήμιο της Βόννης και το Πανεπιστήμιο της Κολωνίας. Σε συνεργασία με το Πανεπιστήμιο της Βόννης και το Γερμανικό Κέντρο για τις Νευροεκφυλιστικές Ασθένειες (DZNE), λειτουργεί το Διεθνές Ερευνητικό Σχολείο Max Planck (IMPRS) για τον Εγκέφαλο και τη Συμπεριφορά για την εκπαίδευση της επόμενης γενιάς εξαιρετικών επιστημόνων.