Le MPINB compte deux départements de recherche et sept groupes de recherche indépendants (en janvier 2022). L'institut fait partie d'un cluster de neurosciences dans la région Bonn-Cologne et entretient des liens multiples avec l'Université de Bonn et l'Université de Cologe. En collaboration avec l'université de Bonn et le Centre allemand pour les maladies neurodégénératives (DZNE), il gère l'école internationale de recherche Max Planck (IMPRS) pour le cerveau et le comportement afin de former la prochaine génération de scientifiques de haut niveau.