MPINB posiada dwa wydziały badawcze i siedem niezależnych grup badawczych (stan na styczeń 2022 r.). Instytut jest częścią klastra neuronauk w regionie Bonn-Kolonia i ma liczne powiązania z Uniwersytetem w Bonn i Uniwersytetem w Kolonii. We współpracy z Uniwersytetem w Bonn i Niemieckim Centrum Chorób Neurodegeneracyjnych (DZNE) prowadzi Międzynarodową Szkołę Badawczą Maxa Plancka (IMPRS) w zakresie mózgu i zachowania, aby szkolić kolejne pokolenie wybitnych naukowców.