La Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, qui a plus de 200 ans, est une université de recherche internationale, axée sur la coopération et la concentration, qui propose un large éventail d'environ 200 cursus de licence et de master, dont certains à temps partiel. Plus de 31 000 personnes étudient dans les sept facultés de cette université polyvalente, dont environ 4 500 viennent de l'étranger. Environ 1 700 des 6 400 doctorants sont des ressortissants étrangers. L'université emploie environ 7 700 personnes, dont 692 professeurs. Avec l'hôpital universitaire de Bonn, qui emploie plus de 8 300 personnes, elle est l'un des principaux employeurs de la région. Plus de 300 universités partenaires dans le monde représentent l'excellent réseau international.

Avec ses six pôles d'excellence et son concept global réussi, l'université est une université d'excellence depuis 2019. Ce statut permet notamment à l'université de développer sa position internationale et de mieux recruter des universitaires. La ville de Bonn soutient l'université de Bonn dans ses projets par le biais d'un "Memorandum of Understanding" commun, qui régit les bases de la coopération et son développement. Des échanges réguliers ont lieu à différents niveaux. L'agence de développement économique coopère étroitement avec l'université, par exemple dans les domaines de l'orientation professionnelle, du soutien à la création d'entreprise et à l'innovation et de la communication scientifique. Pour ce faire, elle travaille en étroite collaboration avec le Centre de transfert enaCom, le Service des carrières, le Département des affaires internationales et divers instituts universitaires. La coopération entre enaCOM et le Digital Hub Region Bonn rend les activités des start-up encore plus visibles dans le centre-ville de Bonn. L'université de Bonn est un acteur important dans le projet de centre de développement durable de la région de Bonn.

Fondée en 1995, l'université compte environ 9 000 étudiants et quelque 1 100 employés, dont 150 professeurs. Elle propose actuellement une quarantaine de cursus de licence et de master à Sankt Augustin, Rheinbach et Hennef. Plus de la moitié de ses 1 300 diplômés annuels restent dans la région. L'attribution du droit indépendant de délivrer des doctorats au Collège doctoral de Rhénanie-du-Nord-Westphalie permet une procédure de doctorat indépendante à H-BRS. Le Centre pour le transfert des sciences et des technologies ZWT encourage la coopération avec les entreprises et les organisations et donne des conseils sur les programmes de financement et les aspects liés à l'exploitation. L'agence de développement économique de Bonn travaille en étroite collaboration avec le ZWT et le CENTIM (Centre pour l'entrepreneuriat, l'innovation et les PME) et soutient la Start-up-Manufaktur. Il s'agit d'une initiative du projet SUPRA (Start-up Program Rheinbach Sankt Augustin), financé par le ministère fédéral de l'économie et de l'énergie dans le cadre du programme EXIST. H-BRS apporte également son expertise au centre de développement durable de la région de Bonn.

L'université des arts et des sciences sociales Alanus est une université d'art reconnue par l'État qui possède deux sites (à Alfter et à Mannheim) et fait partie de la scène artistique de Bonn. L'université, qui a fêté son 50e anniversaire en 2023, compte actuellement environ 2 000 étudiants et plus de 250 employés (dont environ 90 professeurs) et propose 32 programmes d'études à temps plein et à temps partiel. Les contacts avec les entreprises locales se développent, en particulier au sein du département des affaires, notamment dans le cadre du projet commun Sustainability Hub Region Bonn.

Le RheinAhrCampus Remagen est l'un des trois sites de l'université des sciences appliquées de Coblence. La forte orientation pratique des cursus et l'enseignement de connaissances interdisciplinaires dans les domaines des "mathématiques et de la technologie" et des "sciences économiques et sociales" préparent les quelque 2 500 étudiants répartis dans une vingtaine de cursus à entrer sur le marché du travail. En tant que centre régional d'innovation et de services, le campus est intégré au réseau régional de santé et à la région scientifique et propose également de nombreux cours à distance à temps partiel. L'agence de développement économique travaille en étroite collaboration avec l'université dans les domaines du transfert, du développement régional, de l'aide à la création d'entreprise et de la recherche de travailleurs qualifiés.

Le centre de recherche Caesar est devenu l'Institut Max Planck de neurobiologie du comportement au début de l'année 2022. L'institut, qui était auparavant associé à la Fondation pour la recherche, est depuis devenu membre à part entière de la Société Max Planck.

Le plus grand site européen du Centre européen pour les prévisions météorologiques à moyen terme (CEPMMT) renforcera la position de Bonn en tant que site scientifique dans le domaine de la recherche sur le climat et le développement durable. Le CEPMMT est un leader scientifique mondial dans le domaine des prévisions météorologiques et de la climatologie. Il s'acquitte notamment de ses tâches dans le cadre du programme européen d'observation de la Terre "Copernicus" depuis Bonn.

Les six instituts Fraunhofer, implantés à Bonn, Sankt Augustin, Wachtberg et Euskirchen et employant plus de 1 900 personnes, représentent la recherche de pointe non universitaire dans le domaine des technologies de l'information et de la communication (TIC) et constituent une interface entre la science et l'industrie.

Afin de poursuivre le développement du portefeuille de recherche de la société Fraunhofer dans les domaines de l'"analyse technologique et de la planification stratégique" et des "effets du rayonnement", l'Institut Fraunhofer pour l'analyse des tendances technologiques INT sera intégré à l'Institut Fraunhofer pour la communication, le traitement de l'information et l'ergonomie FKIE à l'avenir.

Avec l'université de Bonn, l'université RWTH d'Aix-la-Chapelle et l'université des sciences appliquées de Bonn-Rhein-Sieg, le centre de l'institut Fraunhofer de Birlinghoven fait partie du centre international de Bonn-Aix-la-Chapelle pour les technologies de l'information. Le cours sur la cybersécurité dispensé à l'université de Bonn n'est qu'un exemple de l'étroite collaboration entre les instituts Fraunhofer et les universités. L'agence de développement économique de Bonn participe activement aux conseils d'administration des instituts Fraunhofer FKIE et Fraunhofer SCAI.