La Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, con más de 200 años de antigüedad, es una universidad de investigación que opera a escala internacional, orientada a la cooperación y a la concentración, con una amplia oferta de estudios que actualmente ronda las 200 titulaciones de grado y máster, algunas de ellas a tiempo parcial. Más de 31.000 personas estudian en las siete facultades de esta universidad integral, de las cuales unas 4.500 proceden del extranjero. De los 6.400 doctorandos, unos 1.700 son extranjeros. La universidad cuenta con unos 7.700 empleados, entre ellos 692 profesores. Junto con el Hospital Universitario de Bonn, con más de 8.300 empleados, es uno de los mayores empleadores de la región. Más de 300 universidades asociadas en todo el mundo representan la excelente red internacional.

Con sus seis Clústeres de Excelencia y su exitoso concepto general, la universidad ha sido una Universidad de Excelencia desde 2019. Entre otras cosas, este estatus permite a la universidad ampliar su posición internacional y reclutar mejor académicos. La ciudad de Bonn apoya a la Universidad de Bonn en sus proyectos a través de un "Memorando de Entendimiento" conjunto, que regula las bases de la cooperación y su desarrollo. Se producen intercambios regulares a varios niveles. La Agencia de Desarrollo Económico coopera estrechamente con la Universidad, por ejemplo en los ámbitos del asesoramiento profesional, el apoyo a la creación e innovación de empresas y la comunicación científica. Para ello, colabora estrechamente con el Centro de Transferencia enaCom, el Servicio de Carreras Profesionales, el Departamento de Asuntos Internacionales y diversos institutos universitarios. La cooperación entre enaCOM y el Digital Hub Region Bonn hace que las actividades de puesta en marcha sean aún más visibles en el centro de la ciudad de Bonn. La Universidad de Bonn es un actor importante en el proyecto del Hub de Sostenibilidad de la Región de Bonn.

Fundada en 1995, la universidad cuenta con unos 9.000 estudiantes y unos 1.100 empleados, entre ellos 150 profesores. Actualmente ofrece unos 40 estudios de grado y máster en Sankt Augustin, Rheinbach y Hennef. Más de la mitad de sus 1.300 titulados anuales permanecen en la región. La concesión del derecho independiente a conceder doctorados a la Escuela de Doctorado de Renania del Norte-Westfalia permite un procedimiento de doctorado independiente en H-BRS. El Centro de Transferencia de Ciencia y Tecnología ZWT fomenta la cooperación con empresas y organizaciones y asesora sobre programas de financiación y aspectos de explotación. La Agencia de Desarrollo Económico de Bonn colabora estrechamente con el ZWT y el CENTIM (Centro de Emprendimiento, Innovación y PYME) y apoya la Start-up-Manufaktur. Se trata de una iniciativa del proyecto SUPRA (Start-up Program Rheinbach Sankt Augustin), financiado por el Ministerio Federal de Economía y Energía dentro del programa EXIST. H-BRS también aporta su experiencia al Centro de Sostenibilidad de la Región de Bonn.

La Universidad Alanus de Artes y Ciencias Sociales es una universidad de arte reconocida por el Estado con dos sedes (en Alfter y Mannheim) y parte de la escena artística de Bonn. La universidad, que celebró su 50 aniversario en 2023, cuenta actualmente con unos 2.000 estudiantes y más de 250 empleados (entre ellos unos 90 profesores) y ofrece 32 programas de grado a tiempo completo y parcial. Se están ampliando los contactos con las empresas locales, sobre todo en el Departamento de Empresa, incluido en el proyecto conjunto Sustainability Hub Region Bonn.

El RheinAhrCampus de Remagen es una de las tres sedes de la Universidad de Ciencias Aplicadas de Coblenza. La fuerte orientación práctica de la carrera y la enseñanza de conocimientos interdisciplinarios en los campos de "Matemáticas y Tecnología" y "Economía y Ciencias Sociales" preparan para el mercado laboral a los aproximadamente 2.500 estudiantes de unas 20 carreras. Como centro regional de innovación y servicios, el campus está integrado en la red sanitaria regional y en la región científica, y también ofrece numerosos cursos a distancia a tiempo parcial. La agencia de desarrollo económico colabora estrechamente con la universidad en los ámbitos de la transferencia, el desarrollo regional, el apoyo a la creación de empresas y la captación de trabajadores cualificados.

El centro de investigación César se convirtió en el Instituto Max Planck de Neurobiología del Comportamiento a principios de 2022. El instituto, que anteriormente estaba asociado a la Fundación de Investigación, se ha convertido desde entonces en miembro de pleno derecho de la Sociedad Max Planck.

La mayor sede de la UE del Centro Europeo de Predicción Meteorológica a Medio Plazo (ECMWF) reforzará a Bonn como sede científica en el campo de la investigación sobre el clima y la sostenibilidad. El ECMWF es un líder científico mundial en el campo de la previsión meteorológica y la climatología. Entre otras cosas, lleva a cabo sus tareas en el programa de observación de la Tierra de la UE "Copernicus" desde Bonn.

Los seis Institutos Fraunhofer, con sedes en Bonn, Sankt Augustin, Wachtberg y Euskirchen y más de 1.900 empleados, representan la investigación puntera no universitaria en el campo de las tecnologías de la información y la comunicación y constituyen una interfaz entre la ciencia y la industria.

Para seguir desarrollando la cartera de investigación de la Fraunhofer-Gesellschaft en los campos de "Análisis tecnológico y planificación estratégica" y "Efectos de las radiaciones", el Instituto Fraunhofer de Análisis de Tendencias Tecnológicas INT se integrará en el futuro en el Instituto Fraunhofer de Comunicación, Tratamiento de la Información y Ergonomía FKIE.

Junto con la Universidad de Bonn, la Universidad RWTH de Aquisgrán y la Universidad de Ciencias Aplicadas de Bonn-Rhein-Sieg, el Instituto Fraunhofer Centro Birlinghoven forma parte del Centro Internacional Bonn-Aquisgrán de Tecnologías de la Información. El curso de ciberseguridad de la Universidad de Bonn es sólo un ejemplo de la estrecha colaboración entre los Institutos Fraunhofer y las universidades. La Agencia de Desarrollo Económico de Bonn participa activamente en los patronatos de Fraunhofer FKIE y Fraunhofer SCAI.