Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, który ma ponad 200 lat, jest działającym na arenie międzynarodowej, zorientowanym na współpracę i koncentrację uniwersytetem badawczym z szeroką gamą obecnie około 200 studiów licencjackich i magisterskich, z których niektóre są w niepełnym wymiarze godzin. Na siedmiu wydziałach tego wszechstronnego uniwersytetu studiuje ponad 31 000 osób, z czego około 4500 pochodzi z zagranicy. Około 1700 z 6400 doktorantów to obcokrajowcy. Uniwersytet zatrudnia około 7700 pracowników, w tym 692 profesorów. Wraz ze Szpitalem Uniwersyteckim w Bonn, zatrudniającym ponad 8 300 pracowników, jest jednym z największych pracodawców w regionie. Ponad 300 uniwersytetów partnerskich na całym świecie reprezentuje doskonałą międzynarodową sieć.

Dzięki sześciu klastrom doskonałości i udanej ogólnej koncepcji uniwersytet jest Uniwersytetem Doskonałości od 2019 roku. Status ten umożliwia uniwersytetowi między innymi rozszerzenie swojej międzynarodowej pozycji i lepszą rekrutację pracowników akademickich. Miasto Bonn wspiera Uniwersytet w Bonn w jego projektach poprzez wspólny "Protokół ustaleń", który reguluje podstawy współpracy i jej rozwój. Regularne wymiany odbywają się na różnych poziomach. Agencja Rozwoju Gospodarczego ściśle współpracuje z Uniwersytetem, na przykład w zakresie doradztwa zawodowego, wsparcia start-upów i innowacji oraz komunikacji naukowej. W tym celu ściśle współpracuje z Centrum Transferu enaCom, Biurem Karier, Działem Spraw Międzynarodowych i różnymi instytutami uniwersyteckimi. Współpraca między enaCom i Digital Hub Region Bonn sprawia, że działalność start-upów jest jeszcze bardziej widoczna w centrum Bonn. Uniwersytet w Bonn jest ważnym uczestnikiem projektu Bonn Region Sustainability Hub.

Założony w 1995 roku uniwersytet ma około 9000 studentów i około 1100 pracowników, w tym 150 profesorów. Obecnie oferuje około 40 kierunków studiów licencjackich i magisterskich w Sankt Augustin, Rheinbach i Hennef. Ponad połowa z 1300 absolwentów każdego roku pozostaje w regionie. Przyznanie niezależnego prawa do nadawania doktoratów Kolegium Doktoranckiemu NRW umożliwia niezależną procedurę doktorską w H-BRS. Centrum Transferu Nauki i Technologii ZWT promuje współpracę z firmami i organizacjami oraz doradza w zakresie programów finansowania i aspektów eksploatacji. Agencja Rozwoju Gospodarczego w Bonn ściśle współpracuje z ZWT i CENTIM (Centrum Przedsiębiorczości, Innowacji i MŚP) i wspiera Start-up-Manufaktur. Jest to inicjatywa projektu SUPRA (Start-up Program Rheinbach Sankt Augustin), który jest finansowany przez Federalne Ministerstwo Gospodarki i Energii w ramach programu EXIST. H-BRS wnosi również swoją wiedzę do Bonn Region Sustainability Hub.

Alanus University of Arts and Social Sciences to uznany przez państwo uniwersytet artystyczny z dwiema lokalizacjami (w Alfter i Mannheim) i częścią bońskiej sceny artystycznej. Uniwersytet, który w 2023 r. obchodził 50-lecie istnienia, ma obecnie około 2000 studentów i ponad 250 pracowników (w tym około 90 profesorów) i oferuje 32 programy studiów stacjonarnych i niestacjonarnych. Rozwijane są kontakty z lokalnymi firmami, szczególnie na Wydziale Biznesu, w tym w ramach wspólnego projektu Sustainability Hub Region Bonn.

RheinAhrCampus Remagen jest jedną z trzech lokalizacji Uniwersytetu Nauk Stosowanych w Koblencji. Silna praktyczna orientacja studiów i nauczanie interdyscyplinarnej wiedzy w dziedzinach "Matematyki i Technologii" oraz "Ekonomii i Nauk Społecznych" przygotowują około 2500 studentów na około 20 kierunkach studiów do wejścia na rynek pracy. Jako regionalne centrum innowacji i usług, kampus jest zintegrowany z regionalną siecią opieki zdrowotnej i regionem naukowym, a także oferuje liczne kursy kształcenia na odległość w niepełnym wymiarze godzin. Agencja rozwoju gospodarczego ściśle współpracuje z uniwersytetem w zakresie transferu, rozwoju regionalnego, wsparcia start-upów i pozyskiwania wykwalifikowanych pracowników.

Na początku 2022 r. ośrodek badawczy Caesar stał się Instytutem Neurobiologii Zachowania Maxa Plancka. Instytut, który wcześniej był związany z Fundacją Badawczą, od tego czasu stał się pełnoprawnym członkiem Towarzystwa Maxa Plancka.

Największa w UE lokalizacja Europejskiego Centrum Prognoz Średnioterminowych (ECMWF) wzmocni Bonn jako ośrodek naukowy w dziedzinie badań nad klimatem i zrównoważonym rozwojem. ECMWF jest światowym liderem naukowym w dziedzinie prognozowania pogody i klimatologii. Z Bonn realizuje między innymi swoje zadania w ramach unijnego programu obserwacji Ziemi "Copernicus".

Sześć instytutów Fraunhofera, z siedzibami w Bonn, Sankt Augustin, Wachtberg i Euskirchen oraz zatrudniających ponad 1900 pracowników, reprezentuje nieuniwersyteckie, najnowocześniejsze badania w dziedzinie technologii ICT i tworzy interfejs między nauką a przemysłem.

W celu dalszego rozwoju portfolio badawczego Fraunhofer-Gesellschaft w dziedzinach "Analiza technologii i planowanie strategiczne" oraz "Efekty promieniowania", Fraunhofer Institute for Technological Trend Analysis INT zostanie w przyszłości zintegrowany z Fraunhofer Institute for Communication, Information Processing and Ergonomics FKIE.

Wraz z Uniwersytetem w Bonn, Uniwersytetem RWTH Aachen i Uniwersytetem Nauk Stosowanych Bonn-Rhein-Sieg, Centrum Instytutu Fraunhofera Birlinghoven jest częścią Międzynarodowego Centrum Technologii Informacyjnych Bonn-Aachen. Kurs cyberbezpieczeństwa na Uniwersytecie w Bonn jest tylko jednym z przykładów ścisłej współpracy między Instytutami Fraunhofera a uniwersytetami. Agencja Rozwoju Gospodarczego Bonn jest aktywnie zaangażowana w działalność rad powierniczych Fraunhofer FKIE i Fraunhofer SCAI.