La Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, che ha più di 200 anni, è un'università di ricerca che opera a livello internazionale, orientata alla cooperazione e alla concentrazione, con un'ampia offerta di circa 200 corsi di laurea e master, alcuni dei quali part-time. Nelle sette facoltà di questa università completa studiano più di 31.000 persone, di cui circa 4.500 provenienti dall'estero. Circa 1.700 dei 6.400 dottorandi sono stranieri. L'università ha circa 7.700 dipendenti, tra cui 692 professori. Insieme all'Ospedale universitario di Bonn, con oltre 8.300 dipendenti, è uno dei maggiori datori di lavoro della regione. Oltre 300 università partner in tutto il mondo rappresentano l'eccellente rete internazionale.

Con i suoi sei Cluster di eccellenza e il suo concetto generale di successo, l'università è un'università di eccellenza dal 2019. Tra le altre cose, questo status consente all'università di espandere la sua posizione internazionale e di reclutare meglio gli accademici. La Città di Bonn sostiene l'Università di Bonn nei suoi progetti attraverso un "Memorandum of Understanding" congiunto, che regola le basi della cooperazione e il suo sviluppo. Si svolgono regolarmente scambi a vari livelli. L'Agenzia per lo sviluppo economico collabora strettamente con l'Università, ad esempio nei settori della consulenza professionale, del sostegno alle start-up e all'innovazione e della comunicazione scientifica. A tal fine, lavora a stretto contatto con il Transfer Center enaCom, il Career Service, il Dipartimento di Affari Internazionali e vari istituti universitari. La cooperazione tra enaCOM e il Digital Hub Region Bonn rende le attività di start-up ancora più visibili nel centro di Bonn. L'Università di Bonn è un attore importante nel progetto Bonn Region Sustainability Hub.

Fondata nel 1995, l'università conta circa 9.000 studenti e circa 1.100 dipendenti, tra cui 150 professori. Attualmente offre circa 40 corsi di laurea e master a Sankt Augustin, Rheinbach e Hennef. Più della metà dei suoi 1.300 laureati ogni anno rimane nella regione. L'attribuzione del diritto indipendente di conferire dottorati al Collegio dottorale della NRW consente una procedura di dottorato indipendente presso l'H-BRS. Il Centro per il Trasferimento Scientifico e Tecnologico ZWT promuove la cooperazione con aziende e organizzazioni e fornisce consulenza sui programmi di finanziamento e sugli aspetti di sfruttamento. L'Agenzia per lo sviluppo economico di Bonn lavora a stretto contatto con lo ZWT e il CENTIM (Centro per l'imprenditorialità, l'innovazione e le PMI) e sostiene lo Start-up-Manufaktur. Si tratta di un'iniziativa del progetto SUPRA (Start-up Program Rheinbach Sankt Augustin), finanziato dal Ministero federale dell'Economia e dell'Energia nell'ambito del programma EXIST. H-BRS contribuisce inoltre con le proprie competenze al Bonn Region Sustainability Hub.

L'Università di Arti e Scienze Sociali Alanus è un'università d'arte riconosciuta dallo Stato con due sedi (ad Alfter e Mannheim) e fa parte della scena artistica di Bonn. L'università, che ha celebrato il suo 50° anniversario nel 2023, conta attualmente circa 2.000 studenti e oltre 250 dipendenti (tra cui circa 90 professori) e offre 32 corsi di laurea a tempo pieno e parziale. I contatti con le aziende locali sono in fase di espansione, in particolare nel Dipartimento di Economia, anche nell'ambito del progetto congiunto Sustainability Hub Region Bonn.

Il RheinAhrCampus di Remagen è una delle tre sedi dell'Università di Scienze Applicate di Coblenza. Il forte orientamento pratico dei corsi di laurea e l'insegnamento di conoscenze interdisciplinari nei settori "Matematica e Tecnologia" ed "Economia e Scienze Sociali" preparano i circa 2.500 studenti di circa 20 corsi di laurea al mercato del lavoro. Come centro regionale di innovazione e servizi, il campus è integrato nella rete sanitaria regionale e nella regione scientifica e offre anche numerosi corsi di formazione a distanza part-time. L'agenzia per lo sviluppo economico lavora a stretto contatto con l'università nei settori del trasferimento, dello sviluppo regionale, del sostegno alle start-up e della ricerca di lavoratori qualificati.

Il centro di ricerca Caesar è diventato il Max Planck Institute for Neurobiology of Behavior all'inizio del 2022. L'istituto, che in precedenza era associato alla Fondazione per la ricerca, da allora è diventato membro a pieno titolo della Società Max Planck.

La più grande sede europea del Centro europeo per le previsioni meteorologiche a medio raggio (ECMWF) rafforzerà Bonn come sede scientifica nel campo della ricerca sul clima e sulla sostenibilità. L'ECMWF è un leader scientifico mondiale nel campo delle previsioni meteorologiche e della climatologia. Tra le altre cose, svolge i suoi compiti nel programma di osservazione della Terra dell'UE "Copernicus" da Bonn.

I sei Istituti Fraunhofer, con sedi a Bonn, Sankt Augustin, Wachtberg e Euskirchen e oltre 1.900 dipendenti, rappresentano la ricerca d'avanguardia non universitaria nel campo delle tecnologie ICT e costituiscono un'interfaccia tra scienza e industria.

Per sviluppare ulteriormente il portafoglio di ricerca della Fraunhofer-Gesellschaft nei settori "Analisi tecnologica e pianificazione strategica" e "Effetti delle radiazioni", l'Istituto Fraunhofer per l'analisi delle tendenze tecnologiche INT sarà integrato in futuro nell'Istituto Fraunhofer per la comunicazione, l'elaborazione delle informazioni e l'ergonomia FKIE.

Insieme all'Università di Bonn, all'Università RWTH di Aquisgrana e all'Università di Scienze Applicate di Bonn-Rhein-Sieg, il Fraunhofer Institute Center Birlinghoven fa parte del Centro Internazionale per la Tecnologia dell'Informazione di Bonn-Aquisgrana. Il corso di Cyber Security presso l'Università di Bonn è solo un esempio della stretta collaborazione tra gli Istituti Fraunhofer e le università. L'Agenzia per lo sviluppo economico di Bonn è attivamente coinvolta nei consigli di amministrazione del Fraunhofer FKIE e del Fraunhofer SCAI.