İlkokuldan sonra çocuklar ortaokula geçerler. Bu okullar Hauptschule (Genel ortaokul), Realschule (Ortaokul), Gymnasium (Dilbilgisi okulu), Sekundarschule (Kuzey Ren-Vestfalya'da yeni bir ortaokul türü) veya Gesamtschule (Kapsamlı okul) olabilir.

Şu anda Bonn'da Sekundarschule bulunmamaktadır.

İlkokul dördüncü sınıfta farklı okul türleri ve bunların performans gerekliliklerinin yanı sıra yerel okul teklifleri hakkında bilgi verir. Bundan sonra, sınıf öğretmeni ve ebeveynler çocuğun daha sonraki eğitimi hakkında kişisel bir konuşma yapar. İlkokul, dördüncü sınıfın ikinci yarısındaki karnede, öğretmenler tarafından önerilen belirli okul türü hakkında bir tavsiyede bulunur. Ayrıca bir kayıt formu da düzenlenir.

Hauptschule (Orta dereceli genel okul), Realschule (Orta dereceli ortaokul) veya Gymnasium (Dilbilgisi okulu) olmak üzere üç dallı okul sisteminin okul türü tavsiyesinin yanı sıra, Gesamtschule (Kapsamlı okul) ve Sekundarschule (Kuzey Ren-Vestfalya'da yeni bir ortaokul türü) de her zaman adlandırılır çünkü çok farklı becerilere sahip çocuklar bu okullara gidebilir.

Eğer bir çocuk üçüncü bir okul türüne kısıtlamalarla hak kazanmışsa, ilkokul bunu da belirtir.

Ortaokula kayıt süreci:
Ebeveynler çocuklarını dördüncü sınıfın ikinci yarısının karnesi ve devam eden okulun kayıt formu ile kaydettirirler. Bir çocuğun kabul edilip edilmeyeceğine okul müdürü karar verir.

Ebeveynler, çocuklarının olası kabulü konusunda anlaşmaya varmak üzere bir toplantı randevusu almak için tercih ettikleri okulla erkenden iletişime geçmelidir. Görüşmeler, yarıyıl not kağıtlarının ve kayıt formlarının dağıtılmasından çok daha önce başlar.

Bonn'daki tüm devam eden okulların davet edildiği "açık kapı günleri" ("Tage der offenen Tür") de iletişim kurmak için kullanılabilir.